Del nombre hebreo יְהוֹנָתָן (Yehonatán), contrató a יוֹנָתָן (Yonatan), que significa "el Señor ha dado", derivado de las raíces יְהוֹ (Yeho) se refieren al Dios hebreo y נָתַן (Natan), que significa "dar". Según el Antiguo Testamento, Jonathan era el hijo mayor de Saúl. Su relación con su padre era tensa debido a su estrecha amistad con el rival de David su padre. Junto con Saúl fue muerto en la batalla contra los filisteos.
Como un nombre Inglés, Jonathan no llegó a ser común hasta después de la Reforma protestante. Un portador famoso fue el anglo-irlandés satírico Jonathan Swift (1667-1745), que escribió 'Los viajes de Gulliver' y otras obras.