Du nom hébreu יְהוֹנָתָן (Yehonatan), contractée à יוֹנָתָן (Yonatan), ce qui signifie « YAHWEH a donné », dérivé des racines יְהוֹ (Yeho) se référant au Dieu hébreu et נָתַן (Natan) qui signifie « donner ». Selon l'Ancien Testament, Jonathan était le fils aîné de Saül. Sa relation avec son père était tendue en raison de son amitié avec son rival de son père David. Avec Saül, il a été tué au combat avec les Philistins.
Comme un nom anglais, Jonathan ne est pas devenu commun qu'après la Réforme protestante. Un porteur célèbre était le satiriste Jonathan Swift anglo-irlandais (1667-1745), qui a écrit « Les Voyages de Gulliver » et d'autres œuvres.