Dal nome ebraico יְהוֹנָתָן (Yehonatan), contratta per יוֹנָתָן (Yonatan), che significa "il Signore ha dato", derivato dalle radici יְהוֹ (yeho) riferiti al Dio ebraico e נָתַן (Natan) che significa "dare". Secondo l'Antico Testamento, Jonathan era il figlio maggiore di Saul. Il suo rapporto con il padre era tesa a causa della sua stretta amicizia con la rivale David di suo padre. Insieme con Saul è stato ucciso in battaglia con i Filistei.
Come un nome inglese, Jonathan non divenne comune fino a dopo la Riforma protestante. Un famoso portatore era l'anglo-irlandese autore satirico Jonathan Swift (1667-1745), che ha scritto 'I viaggi di Gulliver' e altre opere.